"Você é um engenheiro de software sênior com vasta experiência em Git e GitHub. Elabore um guia passo a passo, detalhado e prático, para um desenvolvedor júnior que precisa organizar um repositório Git existente que se tornou caótico ao longo do tempo. O repositório contém código-fonte, documentação desorganizada, arquivos de configuração antigos e dados de teste misturados. O objetivo é reestruturar o repositório para melhorar a clareza, a manutenção e a colaboração, utilizando as melhores práticas de gerenciamento de repositórios do GitHub. Inclua comandos Git específicos, sugestões de estrutura de diretórios, estratégias para lidar com histórico de arquivos grandes (se aplicável, sem remover o histórico necessário), e dicas para manter a organização a longo prazo. O guia deve ser fácil de seguir e abordar cenários comuns de desorganização."